- API služeb: Staví na proprietárních plochých JSON strukturách namísto standardů.
- Validace: Postrádají automatizovaný validátor a v praxi testují interoperabilitu vizuální kontrolou úředníka.
- Terminologie: Stojí na serveru TermX (viz otevřené chyby TermX), ze kterého nejde stáhnout celý velký číselník. NCEZ předepisuje stahovat po 10 000 položkách pomocí parametrů
offsetacount(Způsoby konzumace dat z NTS), produkční brána je ale ignoruje: operace$expandvrátí vždy jen prvních 5 000 položek, bez chybového hlášení. Z laboratorního číselníku NČLPPOL (22 801 položek) se tak stáhne 22 %, stejný strop má všech 31 číselníků nad 5 000 položek, např. MKN-10, ATC nebo LOINC (stav k 16. 9. 2026). - Převodník: Nabízejí v praxi nepoužitelný převodník s chybami v profilech na code.gov.cz.
- Financování: Státní řešení stálo daňové poplatníky řádově miliardy Kč z fondů NPO22 a IROP (jen nástroje interoperability řádově stovky milionů Kč), zatímco na EZ Framework stát nepřispěl ani jedinou korunou – vše bylo hrazeno z příspěvků lékařů (399 Kč ročně).